Parameter fisika kimia merupakan ekosistem abiotik yang merupakan wadah atau media bagi suatu organisme.Faktor  fisik yang terdapat dalam ekosistem perairan umumnya dapat diamati secara visual, yaitu:

Suhu, Salinitas, Daya tembus sinar matahari, Komposisi sudstrat  tanah, Kekeruhan,  Dan Arus.

Faktor kimia perairan yang berperan dalam ekosistem merupakan proses atau kandungan unsur-unsur kimia yang terdapat dalam perairan. Ada beberapa parameter kimia air yang sering diukur adalah:
PH air, Oksigen terlarut (DO), Nitrat (NO3), Fosfat (PO4), Co2, Amoniak, Dan(NH3)

Parameter Biologi adalah biota perairan yang menyusun kehidupan didalam perairan, seperti Plankton, Bentos, Dan Tanaman air.

Plankton
Plankton didefenisikan sebagaim jasad hidup renik yang hidupnya bebas didalam perairan dengan kempuan geraknya yang sangat terbatas, sihingga sebagian besar hidupnya mengikuti arus.Plankon dapat dikelompokkan lagi yaitu:
Phytoplankton (Plankton Nabati)
Zooplankton (Plankton Hewani)

Pegukuran plankton sangat lah penting didalam analisis ekologi,pengukuran plankton karna fitoplankton produsen primer yang memberi kontribusi terhadap produksi total dalam ekosisistem.

Organisme ini dapat di kategrikan 5 kategori yang dibedakan sesuai ukaurannya,yaitu:
1. Megaplankton yaitu plankton yang berukuran diatas 2,0 mm
2. Makroplanton yaitu plankton yang berukuran diantara 0,2 mm-2,0 mm
3. Mikroplankton yaitu plankton yang berukuran diantara 20 µm – 0.2 mm
4. Nanoplankton yaitu plankton yang berukuran antara 2 µm – 20 mm
5. Ultraplankton yaitu plankton yang berukuran lebih kecil dari 2 µm

Berdasarkan habitat plankton, plankton dapat dibagi lagi,yaitu:
1. Plankton oseanik
2. Plankton neritik
3. Plankton air payau

Benthos
Benthos  adalah organisme yang hidup didasar perairan. Benthos  dapat digolingkan lagi yaitu
Zoobenthos dan phytobenthos. Benthos sangat berperan penting didalam ekosistem perairan yaitu sebagai  pengurai bahan-bahan organik yang ada di dasar atau di dalam perairan, sebagai indikator biologis bagi substrat dan kualitas air.
Ada beberapa ukuran benthos yang dapat dijadikan dasar klafikasi, yaitu
1. Microfauna: hewan yang berukuran < 0,1 mm. semua protozoa masuk dalam golongan ini.
2. Meiofauna : golongan hewan yang mempunyai ukuran 0,1 mm – 1,o mm.
contoh :protozoa berukuran besar, cnidaria, cacing berukuran kecil, dan crustacea yang berukuran kecil.
3. Macrofauna :hewan yang berukuran > 1,0 mm.
contoh :echinodermata, crustacea, annelida, dan molluska.

Cara makan hewan benthic yang utama.
1. Suspension feeder yaitu dengan cara menyaring partikel detritus yang melayang di air
contoh :polychaeta Chaetoperus.
2. Defosit feeder yaitu dengan cara mengumpulkan detritus yang telah menetap di dasar perairan
contoh: Polychaeta Arenicola dan Amphitrite.

Periphyton
Organisme (tanaman dan hewan) yang melekat atau bergantung pada tanaman atau benda yang muncul dari dasar , seperti kayu, plastik, dan batu.

Nekton
hewan yang mempunyai bentuk tubuh lebih besar dan menpunyai kemampuan bergerak sendiri sehingga gerakan tidak tergantung oleh arus. Adaptasi khusus nekton bahari menggakibatkan adanya perbedaan antara nekton yang hidup di perairan dalam dengan nekton di perairan pantai.

Neuston
Organisme yang beristirahat atau berenang pada permukaan perairan.

Tanaman air
Tanaman yang hidup di perairan seperti gulma, encen gondok,  ganggang, rumput laut dan lamun. Mangrove dan tanaman air merupakan produsen primer yang sangat besar perannya sebagai penyumbang nutrien ke dalam ekosistem perairan, tumbuhan berperan sebagai produsen, hewan berperan sebagai konsumen, dan mikroorganisme berperan sebagai dekomposer, di dalam ekosistem perairan.